Ik denk dat je last hebt van FOUC.
FOUC staat voor Flash Of Unstyled Content en treed alleen op in IE. Het probleem is op te lossen door je JavaScript VOOR je CSS te zetten in de header.
Bijvoorbeeld:
<script type="text/javascript"> </script>
<style type="text/css">
// hier je styles
</style>
Er hoeft niet eens iets in je JavaScript sectie te staan.
Safari heeft er geen last van, maar de iconen van de browsers verdwijnen wel weer nadat de pagina is geladen om een of andere vage reden.
Je vergeet trouwens '<div id="wrapper">' af te sluiten. Probeer trouwens ook eens om de script en de link naar CSS boven al je meta-tags (die je trouwens moet afsluiten met een />, je gebruikt xHTML) te zetten.
edit: dat png-ding-javascript is trouwens de boosdoener. Haal ik dat eruit, doen de plaatjes het goed. Misschien een idee om te kijken of je te maken hebt met IE 5.5 of 6. Want alleen die 2 browsers hebben problemen met PNG. In 7 is het opgelost, en alle gecko-based browsers zijn met hun tijd meegegaan, net als Opera & Webkit.