Je kan een .htaccess altijd hernoemen natuurlijk, alleen bij een standaard configuratie van bijvoorbeeld Apache zal deze htaccess bestand niet worden herkend als zijnende een AccessFileName.
Het is wel mogelijk om meerdere AccessFileName's te gebruiken en daardoor zul je in de httpd.conf een toevoeging moeten doen.
Een .htaccess bestand zal alleen werken als het .htaccess heet. Om de verschillende soorten instellingen toch overzichtelijk gegroepeerd te houden, zou ik je adviseren gebruik te maken van commentaar en witregels.