Wat is de onderlinge relatie tussen die twee tabellen. Heeft het veld in de ene array dezelfde key als de waarde in de andere array? Dan is het namelijk vrij eenvoudig:
<?php
$sQuery = "UPDATE tabel SET ";
Dit voor zover ik weet de kortste manier. Je zult immers op een of andere manier de query moeten opbouwen en de snelste manier om een array uit te lezen is met een foreach loop.