Je gebruik een mssql-database waarin een hoop stored procedures (sp's) staan. Dat heeft helemaal niets met het OS te maken of met PHP, sp's bestaan alleen in de database en niet daarbuiten. Wanneer jij vanuit PHP (ongeacht het OS) de mssql-database aanspreekt, kun je gewoon de sp aanroepen, dat is niet meer dan een query.
SELECT * FROM procedure_naam('var', 'var', 'var');
Dit heeft verder ook niets met pdo te maken, het is gewoon een query. En ja, die kun je ook met pdo richting database sturen.