Ik heb er een poosje geleden naar gekeken. En voor zover ik het kon zien, is het (zeker voor een eerste keer), makkelijker een bestaand thema aan te passen. De template is namelijk opgesplitst in een heleboel kleine stukjes. En om die allemaal na te maken is niet echt handig denk ik :P
/app/design/frontend/default/default/template/
Daar staat alle HTML. Ik kan me zo 1.2.3 niet herinneren waarom er 2 mappen waren (2x default), maar was wel ergens goed voor :P
Hier zie je de mappen van alle onderdelen. Veel van de namen spreken wel voor zich denk ik.
De main layout is wel redelijk overzichtelijk aan te passen. /app/design/frontend/default/default/template/page/
Hier staan alle .phtml bestanden voor de basis layout.
In de map html staan dan de onderdelen die via $this->getChildHtml() worden aangeroepen, in bijvoorbeeld: 1column.phtml
/app/design/frontend/default/default/layout/
Hierin staan XML bestanden voor de onderdelen. Hierin kan je ook dingen aanpassen, alleen moet je erg goed kijken wat je doet :)
Maar hierin wordt onder andere aangegeven welke templates gebruikt worden voor elk onderdeel.
Je hoeft niet de complete structuur over te nemen. Als een bestand niet gevonden wordt pakt Magento het uit de default. Wat meer informatie