@Michel
Iedereen deelt het weer anders in, afhankelijk van wat ze zelf prettig vinden. Wel is het (zeker met een autoloader) handig om voor verschillende classes losse bestanden te maken.
Geef classes en de bestandsnamen dezelfde en logische namen, dat scheelt al heel veel.
Daarnaast kan je kijken qua mappenstructuur dat je e.e.a. gaat groeperen, dus bepaalde classes voor "formuliercontrole" ook bij elkaar plaatsen. Je kan op zo'n manier snel bepaalde dingen terugvinden. Daarnaast krijg je vanuit een goede mappenstructuur een stuk meer overzicht in je werk.
Losse classes die vaak nodig zijn staan in de hoofd map (voor autoloading, class.classname.php) en classes die niet altijd nodig zijn worden gewoon los geinclude met require_once.