Utf8_encode is een vereenvoudigde functie. Met mb_convert_encoding is uitgebreider en kun je een string naar allerlei verschillende charsets coderen zoals UTF-7, latin, etc. Ook is het mogelijk om met mb_convert_encoding een charset te wijzigen van een Japanse charset naar een UTF-8 door de derde optionele parameter.
De functies zijn niet hetzelfde het resultaat kan hetzelfde zijn. de MB functies zijn onderdeel van de PHP multibyte extensie en deze zit niet altijd standaard in PHP en utf8_encode wel, dus als het doel alleen converteren tussen ISO-8859-1 en UTF-8 is zou ik zoveel mogelijk gebruik maken van de PHP ingebouwde functies.