Update script - De website zichzelf laten updaten

Beste,

Zelf heb ik nu onderhand jaren lang ervaring in de development branche, ik loop nu voor het eerst een keer ergens op vast.
Althans, ik heb momenteel een gebrek aan ideeën voor dit subject.

Wat ik wil, is voor een custom beheer paneel, de mogelijkheid bieden een update te downloaden voor de huidige website en beheerpaneel.
Dus stel ik heb een basis beheer paneel, en ik heb een aanpassing gemaakt in de beheerpaneel, vervolgens heb ik een server waar ik deze als tarball of zip file opsla, wil ik dat de beheerpaneel deze updates kan downloaden, en installeren, dus zichzelf updaten op commando.

Echter waar ik dan tegenaan loop is; rechten.
Als ik wat vooruit denk, en ik ga gebruik maken van een zipfile via PHP downloaden, en die uitpakken op de webroot van de website zelf, dan zal ik problemen krijgen met de rechten van bestanden die via FTP eerder zijn geupload in de basis, en de website gebruiker dan waarschijnlijk geen rechten zal hebben om bestanden te overschrijven.

Wat is jullie gedachten hierover.
Hoe zouden jullie een beetje degelijk update systeem aanpakken?

Groeten.