Gewoon meerdere UPDATE-statements uitvoeren? De SQL (of liever gezegd, het SQL-template) hiervoor hoef je maar één keer te preparen. Waar strandt het schip precies?
Aangezien je meerdere queries in één batch wilt uitvoeren loont het wellicht ook de moeite om een en ander in een database-transactie te zetten, zodat deze batch in het geheel, of in het geheel niet wordt uitgevoerd.
En om ondersteuning voor transacties te hebben (en om tabellen echt in een soort van relationele database te laten functioneren) heb je -bij mijn weten- nog steeds de InnoDB storage engine nodig.
Alles, of in ieder geval een hele hoop, begint dus bij een fatsoenlijk en doordacht database-ontwerp.