Iedereen bedankt voor de tips. Ik heb deze geprobeerd m.u.v. de scripts (het leek dat het mee eenvoudiger moest kunnen. De constructie van Rob blijkt gewoon te werken. Het probleem zat in een verwijzing elders in het script die niet correct was. Probleem opgelost.
En structuur in naamgeving in combinatie met een autoloader helpt dan ook - je hoeft dan nooit meer iets te includen. Het eenmalig definieren van een (intern) applicatiepad, bijvoorbeeld als constante, is ook niet verkeerd.
Zelf gebruik ik geen $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] maar dirname(dirname(__FILE__)).
Voornamelijk omdat eventuele cronjobs geen weet hebben van de $_SERVER variabele.
We hebben tegenwoordig __DIR__ (scheelt je een dirname()), en dirname() heeft ook een 2e parameter: $levels = hoeveel niveau's wil je omhoog (dus dirname(__FILE,2) doet hetzelfde als dirname(dirname(__FILE__)) - maar dirname(__DIR__) kan dus ook).