Je geeft het antwoord toch al? Onthoud wel dat de multiline-comment alleen met zowel begin als eind comment-tag in een PHP-blok geldt. Nee, de rest erna wordt ook als comment gezien.
Inactieve code in bestanden laten staan is zelden wenselijk, en al helemaal niet in een live omgeving.
Heb je de code misschien in een later stadium toch nog nodig: maak een apart template waar alle PHP-code is verwijderd (en gebruik deze) of maak een backup van het template en verwijder deze.
Heb je de code niet meer nodig: verwijder alle onnodige PHP-code.
Of nog beter: maak gebruik van een versiebeheersysteem, dan kun je deze wijzigingen altijd terugzoeken en hoef je dit alles niet apart bij te houden, dat doet het systeem voor jou.
Het opzetten van een versiebeheersysteem is leuk, maar vergt wel wat doorzettingsvermogen een redelijke leercurve, met betrekking tot conflictsituaties en het omgaan met branches.
Leuk voor een groot project voor een doorgewinterde programmeur. Maar voor iemand die niet veel daarmee doet is lekker hobby'en en backuppen ook een oplossing. Alleen administratief wat onhandig.