Wat Thomas zegt is inderdaad een goede optie, maar het vergt wel mogelijk een grondige verbouwing van je applicatie, waardoor je jouw index.php ombouwt tot een 'voordeur' in plaats dat je nu met rewrite-rules via diverse ramen van je huis probeert binnen te komen, zoals via je 'entertainment' kamer.
Op het moment dat je van RewriteRules gebruik gaat maken loont het misschien ook de moeite om de PHP-bestanden waar in de RewriteRules naar verwezen wordt buiten de webdirectory te trekken ten einde botsingen tussen "virtuele paden" en fysieke bestanden te voorkomen, tenzij de PHP-bestanden dus een bestaandsrecht hebben in de webdirectory.
De enige PHP-bestanden die dan in principe in de webdirectory horen zijn dan dus je single point of entry (/index.php) en eventuele standalone scripts die je af en toe uitvoert om bepaalde taken uit te voeren.
Mogelijk kom je met de bovenstaande .htaccess in een oneindige loop terecht, omdat je heen en weer pingpongt tussen een aanroep met en zonder .php-extentie. Ook is dit mogelijk een "lek" wat uitgebuit kan worden om jouw webserver op de knieën te krijgen.
Heb je toevallig in jouw netwerktab al gekeken hoe vaak je geredirect wordt? Overigens is het niet nodig om voor een (interne) verwijzing/mapping een (externe) redirect te doen. Dit kan rechtstreeks en hoeft niet, en zou niet uit hoeven te monden in een extra request.