Dan moet je even kijken wat PMA precies uitvoert.
Ik vind het wel heel frappant, en vooral omdat je root bent.
Ik zou zelf denken aan een beschadigde database die je misschien even moet controleren en eventuele repareren?
Of wellicht, en mogelijk ook waarschijnlijker, ben je met twee verschillende database-servers aan het communiceren.
Maken het PHP-script en phpMyAdmin wel verbinding met dezelfde database-server?
EDIT: je zou bijvoorbeeld een simpele test kunnen uitvoeren door in een tabel een record toe te voegen die in beide databases te zien zouden moeten zijn. En dat kun je dan in beide varianten proberen. Als na afloop beide tabellen niet dezelfde records hebben is de kans groot dat je gewoon met twee verschillende database-servers aan het praten bent.
En misschien kan de topicstarter wat meer toelichting geven over de opstelling die hij gebruikt. Was het niet zo dat sommige pakketten tegelijkertijd MySQL en MariaDB (via verschillende poorten) aanbieden?