Hulp gezocht website down; server MySQL error

OK, met jullie advies ben ik custombuild2 gaan gebruiken.
In options.conf heb ik MySQL op yes gezet
en dan ./build mysql gestart.

Resultaat:
Upgrading MySQL 5.5.31 to 5.6.36
warning: erase unlink of /etc/init.d/mysql failed: No such file or directory
warning: MySQL-client-5.6.36-1.linux_glibc2.5.x86_64.rpm: Header V3 DSA/SHA1 Signature, key ID 5072e1f5: NOKEY
Preparing... ########################################### [100%]
1:MySQL-shared ########################################### [ 25%]
2:MySQL-server ########################################### [ 50%]
3:MySQL-devel ########################################### [ 75%]
4:MySQL-client ########################################### [100%]
Ensuring local-infile is disabled for security reasons in MySQL configuration file...
Starting MySQL...The server quit without updating PID file (/var/lib/mysql/cloudbox80420.axc.nl.pid). [FAILED]
Giving mysqld a few seconds to start up...
Looking for 'mysql' as: /usr/bin/mysql
Looking for 'mysqlcheck' as: /usr/bin/mysqlcheck
Error: Failed while fetching Server version! Could be due to unauthorized access.
FATAL ERROR: Upgrade failed
/usr/bin/mysqlcheck: Got error: 2002: Can't connect to local MySQL server through socket '/var/lib/mysql/mysql.sock' (2) when trying to connect
cp: `/usr/lib/libmysqlclient.so' and `/usr/lib/mysql/libmysqlclient.so' are the same file
Restarting MySQL.
MySQL server PID file could not be found! [FAILED]
Starting MySQL..The server quit without updating PID file (/var/lib/mysql/cloudbox80420.axc.nl.pid). [FAILED]

Dus het lukt me blijkbaar ook niet om met Custombuild MySQL te installeren.
Iemand nog suggesties voor her-installatie MySQL ?

In my.cfg zal waarschijnlijk een verwijzing staan naar een niet bestaande pidfile.

Begin met te checken wat Arien aangeeft. Bestaat de dir en het file? Is het beschrijfbaar?

Anders:

yum remove mysql-server
yum install mysql-server

Is misschien een oplossing maar je loopt dan wel enig risico je database kwijt te zijn. Ik weet niet of de tabel-bestanden blijven staan bij zo'n remove. Misschien heb je eem MySQL backup die je na de install snel kan inlezen?

Aad B op 07/11/2017 11:07:19

Begin met te checken wat Arien aangeeft. Bestaat de dir en het file? Is het beschrijfbaar?

Anders:

yum remove mysql-server
yum install mysql-server

En zo verniel je DirectAdmin alleen maar.
NIET doen dus, en dat kan overigens niet eens, omdat dat geblokkeerd wordt. En geheel terecht! Feitelijk heeft hij mysql al opnieuw geinstalleerd via de juiste methode, met custombuild, en dat hielp niet.

Dus de eerste stappen van Aad om te controleren zijn zeker handig om naar te kijken.

Je kunt wel degelijk veilig yum erase mysql-server doen. En nee, dat sloopt feitelijk niets. Custombuild gebruiken voor mysql is optioneel, je kunt ook gewoon de system packages gebruiken. Custombuild is handiger als je niet weet waar je mee bezig bent.

Dus verwijder eerst mysql eens, zorg wel dat je een SQL backup hebt, en zorg dan je vrije schijfruimte hebt. Als je hier niets aan doet heeft custombuild ook geen zin. Volg dan https://help.directadmin.com/item.php?id=240

Volgens mij is de CustomBuild er juist voor bedoeld dat de services naadloos aansluiten op DirectAdmin, zonder dat je nog extra scripts en dingen hoeft uit te voeren.

Als ik mij niet vergis worden de instellingen in DirectAdmin ook deels opgeslagen in een MySQL-database. Dus als je met yum MySQL zou verwijderen / installeren, dan zal DA als controlepaneel waarschijnlijk niet meer geheel werken, is mijn sterke vermoeden. Het wordt niet voor niets geblokkeerd in de yum-configuratie.

Ik denk zelf dat je er wel bent als je de pid-file controleert, en eventueel de rechten/ownership controleert. Als je dit niet snapt, laat het liever doen door je support.

https://serverfault.com/questions/582430/mysql-the-server-quit-without-updating-pid-file
Op serverfault.com kom ik dit tegen:
I encountered a similar problem. In my case, it was a missing PID file. So I had to manually kill the MySQL process and then restart it. The PID file was then created when I restarted MySQL.

check vooral ook je my.cnf file, vermoedelijk ergens /etc/mysql/ of /etc/my.cnf


[size=xsmall]Toevoeging op 07/11/2017 13:42:37:[/size]

- Ariën - op 07/11/2017 11:49:09

Als ik mij niet vergis worden de instellingen in DirectAdmin ook deels opgeslagen in een MySQL-database.

Ik vrees dat je je hier wel vergist. Je kan prima DA gebruiken op servers zonder enige vorm van database engine. Zo'n afhankelijkheid is verder ook onwenselijk.

@ Aad B

Het file verschuilt zich hier; /etc/mysql/mysql.confd/mysql.conf & deze verwijst weer naar pid-file = /var/run/mysqld/mysqld.pid

Wat niet wegneemt dat je gelijk hebt inzake de lees/schrijfrechten.

Begin me af te vragen of het geen gruwelijke bug is?

@Aad, het zou kunnen, maar het is ook weer niet aan te raden om de disallow-list van yum te omzeilen.
Als het een bus zou zijn zou een ./build update vooraf misschien wel een idee zijn, zodat je de laatste MySQL op je OS krijgt.

@Arien, mee eens inderdaad maar misschien even onderstaande poging testen:

Doe eens een ls -altr /var/run/mysqld/mysqld.pid om te kijken wat de rechten zijn van de file.
Je mag de pid file gewoon weggooien want MySQL maakt steeds een nieuwe aan tijdens starten van de deamon.
het lijkt me geen bug, dan zou je wel iets gevonden hebben daarover.
Verder is er ook nog een mysqld.sock of zoiets, ook die mag weg en wordt aangemaakt bij starten MySQL
Nadat je ze weggegooid check je ook nog even of er MySQL processen draaien: ps -ef |grep mysql
Deze processen kill je met -9 waarna vervolgens MySQL gestart kan worden. Doe geen restart maar gewoon een start. Check eventuele foutmeldingen kom daarmee hier terug