Wat ik er op internet over vind is dat deze instelling niet aan te passen is. Dat zijn veelal wel oudere posts (2008, 2009) dus weet niet of dat nu nog steeds het geval is, maar het lijkt erop.
Een oplossing is natuurlijk overstappen naar weer een andere editor. Je zou bijvoorbeeld eens kunnen kijken naar het (eveneens) opensource Eclipse PDT. Een zeer veelzijdige editor die je helemaal naar eigen wens kunt aanpassen.
De huidige versie heeft inderdaad een bug met het indenten als je afwijkt van de standaard 'op 1 regel' stijl. In de oudere versies was dit niet zo, tevens is het opgelost in de nieuwe (nog te releasen) netbeans. Misschien dat je een nightly build of een alpha/beta kan downloaden :)